เหตุการณ์ลึกลับที่เกิดขึ้นตามพื้นที่ต่างๆ ของกาแล็กซีทำให้ยานดิสคัฟเวอรี่ต้องปฏิบัติภารกิจใหม่ โดยการนำของกัปตันชั่วคราวอย่าง คริสโตเฟอร์ ไพค์แห่งยานเอนเตอร์ไพรซ์