โมโตโกะ คุซานางิและเซ็คชั่น 9 กลับสู่โลกปี 2045 ที่ไม่เคยร้างราจากสงครามไซเบอร์ และต้องเผชิญภัยคุกคามอุบัติใหม่ในคราบของพวกเหนือมนุษย์