หนึ่งปีหลังจากที่สงครามพลเมืองต่อต้านล้มเหลว ลูลูชผู้ถูกล้างสมองเชื่อว่าตัวเองเป็นเพียงนักเรียนมัธยมปลาย ทว่าซีทูและภาคีอัศวินดำได้เตรียมแผนการบางอย่างเอาไว้ให้เขาแล้ว