เมื่อบุคคลลึกลับรายหนึ่งเริ่มตั้งเป้าพวกนักเล่นแร่แปรธาตุแห่งรัฐในความผิดบาปต่อพระเจ้า นักเล่นแร่แปรธาตุ Edward Elric และ Alphonse น้องชายของเขาต่างก็อ่อนแอที่สุด ในขณะที่พวกโฮมุนคูลีก็เริ่มเปิดเผยตัวอีกครั้ง