เมื่อความขัดแย้งระหว่างอเมริกาและสหภาพโซเวียตได้คุกคามขึ้น ในเวลาเดียวกันนี้ ก่อนที่ชาร์ลส ซาเวียร์ (เจมส์ แม็คอาวอย) และ อีริค เลนเชอร์ (ไมเคิล ฟาสเบนเดอร์) จะได้ฉายา โปรเฟสเซอร์ เอ็กซ์ และ แมกนีโต พวกเขายังเป็นแค่ชายหนุ่มเพื่อนรักที่เพิ่งค้นพบพลังในตัวเอง และร่วมมือกับมนุษย์กลายพันธุ์รุ่นเยาว์กลุ่มหนึ่ง ในการหยุดยั้งไม่ให้โลกเดินหน้าสู่สงครามโลกครั้งที่สาม