มวลมนุษยชาติถูกแสงสีเขียวตกใส่ทำให้กลายเป็นหินหลายพันปี อารยธรรมโลกสมัยใหม่ถดถอยกลับสู่ยุคดึกดำบรรพ์ 3700 ปีให้หลัง อิชิคามิ เซ็นคู ตัวเอกของเรื่องได้ตื่นขึ้น เขาใช้ความรู้ทางวิทยาศาสตร์ ช่วยเหลือเหล่าเพื่อนมนุษย์บนโลกที่กลายเป็นหิน อารยธรรมใหม่กำลังจะกลับคืนสู่โลกยุคหินอีกครั้ง ดร.สโตน ซีซัน 3 ในคราวนี้เป็นการสานต่อเนื้อเรื่องจากซีซัน 2 เป็นการผจญภัยจากบนบกสู่ทะเล เดินทางข้ามทวีปเพื่อสำรวจโลกที่ไม่รู้จัก ไปร่วมลุ้นกันว่าครั้งนี้เราจะได้พบกับความรู้วิทยาศาสตร์แบบใดจากเขากันบ้าง