โซนิคเปิดศึกกับสภาเคออสเพื่อช่วงชิงพาราด็อกซ์ปริซึมอันทรงพลังทีละชิ้น โดยมีพลพรรคจอมซ่าทั่วจักรวาลที่แตกสลายเป็นกำลังเสริมคอยช่วย