Ninja Kamui เล่าเรื่องของโจฮิกัน นุเกะนิน นินจาถอนตัวที่หลบหนีจากสังกัดของตนเองเพื่อหลีกลี้หนีจากอดีตอันโหดร้าย เขาย้ายไปอยู่ในพื้นที่ชนบทของสหรัฐอเมริกาพร้อมครอบครัว จนคืนหนึ่งพรรคพวกเก่าของเขาได้ตามตัวจนเจอและทำการลงทัณฑ์ให้กับผู้ที่หักหลังต่อข้อห้ามที่มีมาแต่โบราณ แต่ Joe กลับฟื้นคืนมาจากความตาย และเขาตัดสินใจหวนคืนสู่ตัวตนเก่าของเขา ‘นินจาคามุย’ เพื่อชำระแค้นให้กับครอบครัวกับเพื่อนพ้อง คามุย คือนินจาในศตวรรษที่ 21 ยุคสมัย ผู้ที่อยู่ผิดยุคสมัย ที่นำเอาทักษะสมัยโบราณมาผสานเข้ากับอาวุธทันสมัยพร้อมด้วยกลอุบายที่โหดร้าย เขาจะต้องต่อสู้กับนักฆ่าที่ผ่านการฝึกฝน, ไซบอร์กนักสู้, และนินจาคู่ปรับ พร้อมทั้งโค่นล้มสังกัดนินจาที่เคยสร้างตัวเขาขึ้นมา