มิยูกิ อามาไก กลายเป็นนักบินหญิงคนแรกของ Shinkai 6500 ในญี่ปุ่น สำนักงานวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีทางทะเล-โลกของญี่ปุ่น (JAMSTEC) ได้ทุ่มเทความพยายามในการสร้างเรือดำน้ำลำแรกของเธอทั่วทั้งองค์กร พ่อของมิยูกิยังทำงานเป็นนักบินและนักวิจัยที่เก่งกาจของ JAMSTEC แต่เสียชีวิตด้วยอาการป่วยโดยไม่สามารถบรรลุความทะเยอทะยานในชีวิตได้ มิยูกิตั้งใจที่จะค้นพบตัวเองในทะเลลึกที่พ่อผู้ล่วงลับของเธอเล่าให้ฟังตอนที่เธอยังเป็นเด็ก อย่างไรก็ตาม ครั้งหนึ่ง เธอพบภาพที่น่าตกใจจากล็อกเกอร์ของพ่อเธอเกี่ยวกับเรือดำน้ำลำสุดท้ายที่เขากล่าวหาว่าขับ และถูกโจมตีด้วยความกลัว